魔法學徒既然是講述魔法之間的各種故事的遊戲，那麼必然是有着與魔法學習的各類的學院的設定的，不同的學院能給予你的魔法知識不同，而你能得到的魔法技能自然就是各異的。此作中有三個這樣的學院存在，你可以選擇任意一個，去學習自己需要的那些技能。
首先要了解的就是這個寧靜學院，裏面有很多的科技知識可以讓你得到學習，科學與秩序就是戰鬥的主體，創新性與探索性就從這裏展現。
還有就是神聖學院，這裏主要給予你世間存在的所有的動能的學習，還有力量，學習後，你就能有着強大的能量，尋找能維護世界的那種法則。
最後當然是這個協同學院，你可以探索人與萬物之間的各類關係，感悟自然，得到魔力，順應自然，找到和諧永存。
只要你選擇其中的任何一個學院去學習，都能得到其中對應的技能的。
